تأهيل الكوادر العاملة الداخلة للعمل حديثاً يعتبر أهم التحدّيات التي تواجهها المؤسسة لرأب الصدأ الذي خلفته الأزمة، من هجرة وفقدان اليد العاملة الخبيرة بالإضافة إلى المعوّقات التي تعترض سياسة التدريب والتأهيل الناجمة عن سياسة ترشيد الإنفاق وضغط النفقات المعتمدة في ظلّ الظروف الراهنة.
 لكنّ المؤسسة قامت بتذليل المعوقات المذكورة وحرصت على تنفيذ خطط التدريب والتأهيل المعتمدة لديها من خلال انتهاج سياسة الاعتماد على الذات والاستثمار الأمثل للموارد المتاحة من خلال استثمارالكوادر العاملة الخبيرة بنقل الخبرة والمعرفة للكوادر العاملة الأخرى من المعينين الجدد، حيث تمّ تنفيذ المرحلة الأولى من خطة التدريب الداخلي الموضوعة للمعينين حديثاً في المؤسسة والشركات التابعة لها في محافظة دمشق، بمجالي اللغة الانكليزية والحاسوب والتي بدأت بتاريخ 20/11/2017م ولمدة خمسة أشهر، وتمّ البدء بتنفيذ المرحلة الثانية من التدريب الداخلي التخصصّي، وفق التفصيل التالي:
    تدريب الجيولوجيين والجيوفيزيائيين: معظمهم من المعينين حديثاً في المؤسسة العامة للنفط ويبلغ عددهم /18/عامل، تمّ البدء بتدريبهم بتاريخ 1/7/2018م ولغاية 27/9/2018م، وبواقع أربع ساعات تدريب يومياً، وذلك في قاعات التدريب التابعة لشركة الفرات للنفط وبإشراف الكوادر الخبيرة العاملة لديها في المديرية الفنية بالإضافة إلى مساهمة بعض العاملين في الشركة السورية للنفط أصحاب الخبرة وفق برنامج تدريبي غني بمواضيع فنية ذات الصلة باختصاص المتدربين.
    تدريب المعينين على أساس الشهادات التالية: /تجارة واقتصاد-حقوق-معاهد/: ويبلغ عددهم /30/عامل، تمّ البدء بتدريبهم في قاعات التدريب التابعة لشركة الفرات للنفط وبإشراف الكوادر الخبيرة العاملة في المؤسسة العامة للنفط والشركة السورية للنفط وشركة الفرات للنفط وفق برنامج تدريبي غني بمواضيعه المتنوعة التي تتناول المحاور التالية: ( مقدمة تعريفية ببيئة العمل- HSE- مواضيع قانونية وعقدية- الأنظمة المالية والمحاسبية-إدارة الموارد البشرية ووظائفها...)، وفق برنامج تدريبي وُضع لهذه الغاية، اعتباراً من تاريخ 8/10/2018م ولمدة  /44/يوم تدريب فعلي.